從分子水平上獲得特定DNA片段，包括目的基因分離，全長cDNA片段釣取，染色體步移，點突變，甲基化檢測，SNP檢測，線粒體分析等。通過技術手段，獲得可用于研究的目的基因序列，同時通過對基因序列基本形狀的分析，獲得更多的遺傳信息，如CDS編碼及翻譯情況，UTR區對表達的調控及轉錄后修飾，啟動子區重要的motif序列及TSS位點，甲基化位點，SNP情況，基因的同源性，物種的進化地位等信息。是后續基因功能研究的基礎。
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